Bei ihrer Fördertätigkeit und im Umgang mit ihrem Vermögen sind für die CMS das Testament von Christoph Merian sowie Leitbild und Strategie handlungsleitend.

Der Basler Kaufmann und Agronom Christoph Merian gründete die Stiftung im Einverständnis mit seiner Frau Margaretha Merian-Burckhardt testamentarisch im Jahre 1857. In Kraft trat die Christoph Merian Stiftung 1886 nach dem Tod von Margaretha Merian. Die wichtigsten Meilensteine der Stiftungsgeschichte sind auf dieser Seite chronologisch zusammengefasst.

Die Stiftungskommission führt die Stiftung strategisch. Operativ sind der Direktor und die Geschäftsleitung verantwortlich. Die Aufsicht untersteht der Bürgergemeinde der Stadt Basel (CMS).

Mit den Merian Gärten, dem Cartoonmuseum Basel und dem Christoph Merian Verlag betreibt die CMS drei eigene Institutionen. Sie sind ein wesentlicher Teil des gemeinnützigen Engagements der Stiftung.