Die Förderprogramme der CMS sind auf jeweils vier Jahre angelegt und werden von der Stiftungskommission, dem Bürgergemeinderat und dem Regierungsrat verabschiedet. Die CMS förderte im Jahr 2025 in vier Förderbereichen und zehn Förderschwerpunkten.

Im Jahr 2025 sind 722 Gesuche eingegangen. Die CMS und ihre Dachstiftung (DS-CMS) haben Förderbeiträge für insgesamt 305 Projekte und Institutionen bewilligt. Die dafür bewilligte Fördersumme der beiden Stiftungen betrug rund CHF 21,5 Mio.
 

Die Förderleistung der CMS ergibt sich insgesamt aus den ausbezahlten Förderbeiträgen und dem Förderaufwand. Zu diesem zählt nicht nur der Verwaltungsaufwand der Förderabteilungen, sondern vor allem auch die Beratung, Betreuung und Begleitung der Förderpartner sowie der Betrieb der eigenen Institutionen Merian Gärten (2025: CHF 3,3 Mio.), Cartoonmuseum Basel (CHF 1,6 Mio.) und Christoph Merian Verlag (CHF 1,3 Mio.).

Die CMS bewirtschaftet ihr Vermögen im Dienst des Stiftungszwecks nach unternehmerischen Grundsätzen und legt dieses verantwortungsvoll, sicher, nachhaltig und diversifiziert an. 2025 nahm aufgrund der Höherbewertungen der Immobilien sowie der Kursgewinne an den Aktienmärkten das Renditevermögen der CMS und der DS-CMS insgesamt um 3,9 Prozent auf CHF 1,818 Mrd. zu.

Das gesamte Grundeigentum der CMS beläuft sich auf 899 Hektaren, wovon – neben den Rendite- und den zweckgebundenen Immobilien – rund 85 Prozent auf Landwirtschaft, Wald und Pacht entfallen, darunter Familien- und Freizeit gärten. Es verteilt sich auf die Kantone Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Aargau und Jura. Die drei Areale Dreispitz, Gellertfeld und Sesselacker weisen kumuliert einen Marktwert von rund einer Milliarde Franken auf. 

Zum 1. Januar 2026 beschäftigte die CMS insgesamt 98 Mitarbeitende (FTE: 85,5 %), 11 davon im Rahmen von Ausbildungsstellen (Lehrstellen und Praktika). 48 Prozent waren in Vollzeit tätig, die Fluktuation lag bei 5,2 Prozent. Das durchschnittliche Alter betrug 45,2 Jahre, das durchschnittliche Dienstalter 9,5 Jahre.