Hauptzweck der Christoph Merian Stiftung sind gemäss Testament die «Linderung der Noth und des Unglückes» und die «Förderung des Wohles der Menschen» in der Stadt Basel. Die Stiftung engagiert sich bedarfs- und wirkungsorientiert in den Bereichen Soziales, Kultur, Natur und Lebensraum Stadt.