Mit den Merian Gärten, dem Cartoonmuseum Basel und dem Christoph Merian Verlag betreibt die CMS drei eigene Institutionen. Sie sind ein wesentlicher Teil des gemeinnützigen Engagements der Stiftung.

Der Basler Kaufmann und Agronom Christoph Merian gründete die Stiftung im Einverständnis mit seiner Frau Margaretha Merian-Burckhardt testamentarisch im Jahre 1857. Die beiden hatten sich ein Leben lang für Basel eingesetzt. In Kraft trat die Christoph Merian Stiftung 1886 nach dem Tod von Margaretha Merian.

Die Stiftungskommission führt die Stiftung strategisch. Operativ sind der Direktor und die Geschäftsleitung verantwortlich. Die Aufsicht untersteht der Bürgergemeinde der Stadt Basel (CMS) und der BSABB BVG- und Stiftungsaufsicht beider Basel (DS-CMS).

Die Dachstiftung der Christoph Merian Stiftung (DS-CMS) fördert mit ihren 35 Stiftungen Projekte in der Stadt Basel und der Region. Sie ermöglicht Stifterinnen und Stiftern – unabhängig von der Grösse ihres Vermögens –, ihre persönlichen Förderanliegen kosteneffizient und wirkungsvoll umzusetzen.

Bei ihrer Fördertätigkeit und im Umgang mit ihrem Vermögen sind für die CMS das Testament von Christoph Merian sowie Leitbild und Strategie handlungsleitend.